La gouvernance de FSI France Investissement associe acteurs publics et privés. Elle repose sur plusieurs organes :
- le Conseil d’orientation regroupant des représentants de l’Etat, de la Caisse des Dépôts, du FSI, des investisseurs privés partenaires et des personnalités qualifiées, est chargé de coordonner et d’orienter l’activité du dispositif ;
- CDC Entreprises, filiale de la Caisse des Dépôts, a pour mission de mettre en œuvre les orientations stratégiques adoptées par le Conseil d’orientation ;
- le Comité financier, composé de représentants de l’Etat et de CDC Entreprises, assure le suivi des objectifs fixés dans le cadre du dispositif ;
- la Commission des fonds de fonds réunissant CDC Entreprises et les gestionnaires des fonds de fonds privés veille à la coordination des stratégies d’investissement des fonds de fonds ainsi qu’au partage des bonnes pratiques.
Sous l'impulsion du Conseil d'orientation, des chartes ont été mises en application par tous les gestionnaires de fonds et les entreprises bénéficiant des investissements réalisés dans le cadre du dispositif : les chartes définissent les objectifs et orientations en matière d'investissement et également, des recommandations en matière de gestion et d'accompagnement des entreprises.
L'objectif est de créer une dynamique d'investissement respectueuse des meilleures pratiques de la place en matière de gouvernance, de responsabilité sociale, sociétale et environnementale, attentive aux besoins des entreprises, mobilisatrice pour tous les acteurs du financement et de l'accompagnement des entreprises. FSI France Investissement porte une nouvelle vision de la solidarité entre les acteurs de l'économie.

